Cette fiche présente les moyens pour les collectivités d’agir à la source pour réduire les pollutions agricoles des sources d’eau potable. Elle décrit les moyens, dispositifs, voies, pour mobiliser des financements ainsi que des exemples concrets de mise en œuvre.
Parce que le nombre de captages actifs destinés à la production d’eau potable en France s’est fortement réduit ces 45 dernières années :
En 2024, le pays compte presque 38 000 captages actifs, pourtant, près de 14 300 captages ont été fermés depuis 1980. Un tiers de ces fermetures sont dûes à la dégradation de la qualité de la ressource en eau, dont 41 % du fait de teneurs excessives en nitrates et/ou pesticides1. La dépendance à de moins en moins de captages augmente le risque de rupture d'approvisionnement en cas de problème sur le captage et amenuise les quantités d’eau disponibles en cas de sécheresse.
Parce qu’on constate l’augmentation, pour les captages restant autorisés, des traitements nécessaires pour rendre l’eau potable :
Pour des raisons de protection du consommateur et grâce au renforcement des capacités de détection, on constate en France la généralisation du traitement des pollutions à l’entrée des réseaux d’eau potable. A l’inverse, au Danemark ou en Bavière, la responsabilisation des agriculteurs sur des actions préventives a permis de réduire de 30 % leur consommation d’azote et de pesticides, au bénéfice de la qualité des eaux. Selon la Cour des Comptes2, le traitement des pollutions s’avère 2,5 fois plus coûteux au m3 traité que la prévention opérée en Bavière, et il n’améliore pas la qualité de la ressource. Pour des raisons de protection du consommateur et grâce au renforcement des capacités de détection, on constate en France la généralisation du traitement des pollutions à l’entrée des réseaux d’eau potable. A l’inverse, au Danemark ou en Bavière, la responsabilisation des agriculteurs sur des actions préventives a permis de réduire de 30 % leur consommation d’azote et de pesticides, au bénéfice de la qualité des eaux. Selon la Cour des Comptes, le traitement des pollutions s’avère 2,5 fois plus coûteux au m3 traité que la prévention opérée en Bavière, et il n’améliore pas la qualité de la ressource.
Par ailleurs, les molécules chimiques utilisées par l'agriculture sont susceptibles d’avoir des effets encore peu connus à ce jour. Il faut noter que même lorsque les molécules d’origine ont été interdites il y a parfois de nombreuses années, le produit de leur dégradation, les métabolites, sont aussi délétères sur la ressource en eau. Ce sont ces métabolites de pesticides ayant infiltré progressivement les sols puis les nappes phréatiques que l’on rencontre aujourd'hui de plus en plus dans les captages d’eau.
Parce que, malgré des dépenses croissantes de traitement de l’eau, plus de 10 millions de français et de françaises ont été alimenté·es au moins une fois en 2022 par de l’eau non conforme.
Dans un souci de respect du principe de précaution et de gestion financière, les autorités organisatrices du service de distribution de l’eau potable et leurs gestionnaires ont donc tout intérêt à traiter le problème à la source sur l’ensemble des aires d’alimentation de leurs captages.
L’article L1321 du Code de la Santé Publique impose que “toute personne qui met à la disposition du public de l'eau destinée à la consommation humaine, à titre onéreux ou à titre gratuit, sous quelque forme que ce soit, est tenue de s'assurer que cette eau est propre et salubre”.
La protection des captages d’eau potable de toute pollution, accidentelle, ponctuelle ou diffuse, est l’un des premiers leviers à mettre en oeuvre par la collectivité organisatrice du service de production de l’eau potable. Selon le périmètre pris en compte, cette protection relève de différentes réglementations.

Première mesure obligatoire depuis la première loi sur l'eau de décembre 1964, renforcée par la loi sur l’eau de janvier 1992 (art L 1321-2 et R1321-13 du Code de la Santé Publique), l’instauration de périmètres de protection des captages d’eau :
L’instauration de ces périmètres vise à protéger les points de prélèvement d’eau contre toutes les pollutions ponctuelles et accidentelles à minima. Ils doivent être inclus dans la demande d'autorisation d'utilisation d'eau en vue de la consommation humaine, font l’objet d’une enquête publique puis sont actés par un arrêté préfectoral de déclaration d’utilité publique (DUP).
Les lois Grenelle 1 et Grenelle 2 de 2009 ont renforcé ce dispositif de protection en créant (art L211-3 du Code de l’environnement) les Aires d’Alimentation de Captages (AAC), aires élargies au bassin versant du point de captage, dans lesquelles un “programme d’actions peut notamment concerner les pratiques agricoles, en limitant ou interdisant, le cas échéant, certaines occupations des sols et l’utilisation d’intrants”. Par ailleurs le Code de l’Environnement et le Code rural autorisent les préfets à interdire les intrants dans les aires d’alimentation de captage par la mise en oeuvre d'une zone soumise à contrainte environnementale (ZSCE).
Dans les faits, peu de mesures obligatoires ont été arrêtées par les préfets et les programmes d’actions volontaires n’ont pas débouché sur des résultats à l’échelle des problèmes3.
Face à ces constats et la poursuite de la dégradation de la qualité des eaux des captages, une nouvelle catégorie de captages dits “sensibles” est en cours d’instauration, découlant de la Directive Eau potable (ou EDCH) transposée en 2023 en droit français. Attendus pour 2026, ces captages devraient concerner presque 8000 points d’eau présentant des niveaux de pollution de certains paramètres de qualité des eaux dépassant les seuils fixés par les Ministres de la Santé et de l’Environnement, et dont la préservation de la ressource deviendrait alors une compétence obligatoire pour la collectivité responsable de la production d’eau potable. Celle-ci devra alors élaborer un plan d'actions volontaires intégrant l'ensemble des contaminations sur l'ACC, complété le cas échéant de mesures rendues obligatoires par le préfet à travers le dispositif des zones soumises à contraintes environnementales (ZSCE).
Enfin, dans le cadre de la Directive Eau Potable sont également créés les Plans de gestion de la sécurité sanitaire des eaux (PGSSE) qui visent à une approche globale garantissant en permanence la sécurité sanitaire de l’approvisionnement en eau destinée à la consommation humaine, approche de gestion préventive promue par l’OMS. Leur mise en œuvre est fixée à juillet 2027 (pour la ressource) ou janvier 2029 (pour la production et la distribution).
Au delà des obligations réglementaires, l’atteinte des objectifs de maîtrise des pollutions diffuses d’origine agricole voire de reconquête des captages pollués, passe par la mise en place par les collectivités responsables de la production d’eau potable, de différentes actions et outils, allant des stratégies foncières de préservation des aires de captage à la mise en oeuvre de projets agro-écologiques en partenariat avec le monde agricole, jusqu’à de véritables projets alimentaires de territoire.
Les quelques exemples d’actions réussies ci-dessous pourront inspirer d’autres collectivités dans leur démarche.
Les financements relèvent de fonds principalement liés au FEADER géré régionalement et aux agences de l’eau gérées par bassin, quelques départements apportent aussi des aides sur le volet captage. Il convient de s’y référer pour connaître les aides applicables localement. Le site suivant non exhaustif fait l’état de quelques exemples https://aides-territoires.beta.gouv.fr/aides/
Les grandes catégories d’aides sont les suivantes, certaines sont dédiées aux agriculteurs, d’autres aux collectivités,... Il convient de travailler avec les services instructeurs, les personnes responsables de la production et distribution de l'eau (PRPDE) et les éventuels animateurs de bassins versant pour arriver à avoir un projet de territoire cohérent et identifier les aides possibles.
Dispositif & liens utilesFinalité / ce qu’il financePublic cibleMesures agro‑environnementales et climatiques (MAEC)8Soutenir l’adoption de pratiques agricoles respectueuses de l’environnement (réduction des intrants, couvert végétal, rotation, etc.)AgriculteursPaiements pour services environnementaux (PSE)9rémunérer les services environnementaux rendus par les agriculteurs et de soutenir la performance environnementale des systèmes d’exploitation agricoleAgriculteursDispositifs d’aide à l’investissement pour la réduction des intrants10financer l’adaptation des matériels de culture et d’élevage permettant une réduction de l’utilisation des intrants ou favorisant des alternatives aux produits phytosanitaires, et au delà pour un changement de pratiques vers des pratiques agroécologiques voir biologiques AgriculteursAide à la conversion vers l’agriculture biologique11financer la phase de transition pendant laquelle l’exploitant doit respecter le cahier des charges bio, mais ses produits ne peuvent pas encore être commercialisés en bioAgriculteursAides aux développement de filières à Bas niveau d’intrant12financer les études de faisabilité, les études techniques, les investissements liés à la transformation et la commercialisation de produits agricoles.les opérateurs économiques des filières : coopératives, collectifs d'agriculteurs, associations, industriels, collectivités concernées, organismes de développement agricole animation territoriale dont agricole13financer les postes et études externalisées pour accompagner et coordonner la démarche de protectionPRPDEétudes contribuant à la protection de la ressource : déclaration d’utilité publique, aire d'alimentation de captage14financer les études et procédures réglementaires ou volontaires sur les différents périmètres de captagePRPDEindemnisation des servitudes dans le cadre d’une DUP15compenser les pertes économiques liées aux restrictions imposées pour protéger les captages d'eau potablePRPDEoutils fonciers: suivi du marché, acquisition, servitude,...16financer les prestations SAFER, frais de notaire, d’animation…PRPDE
Alors que de nombreux outils et de nombreuses initiatives territoriales existent, force est de constater, comme le relève la Cour des comptes17 « L’insuffisante volonté de l’Etat de remettre en cause des pratiques agricoles durablement marquées par l’encouragement au productivisme et le choix d’une agriculture intensive », la modestie des instruments d’intervention et leviers fiscaux mis en œuvre, « faute de redevance sur la pollution azotée et de redevances « élevage » et « pollution diffuse » réellement dissuasives, l’insuffisance des mesures prises et des contrôles de leur mise en œuvre, la faible efficience des mesures incitatives à l’agriculture et l’élevage raisonnés : mesures agroenvironnementales, Plans de Maîtrise des Pollutions d’Origine Agricole (PMPOA) et plan végétal environnement.
Les politiques publiques ont conduit à ce que le nombre de conversions en bio sur la période 2017-2021, soit plus faible dans les zones de captage d’eau potable que dans le reste du territoire, du fait de subventions mal calibrées: en 2023, seules 4% des surfaces d’alimentation de captages étaient couvertes par une MAEC ou une aide à l’agriculture biologique18. Les leviers sont à la fois à rechercher au niveau européen, dans le cadre de la Politique Agricole Commune et sa réorientation vers l’agro-écologie, au niveau des Agences de l’eau, par le relèvement de la redevance pour pollution diffuse levée auprès de la profession agricole depuis 2006, et au niveau territorial par la multiplication de l’accompagnement à la conversion vers l’agriculture biologique, le recours aux PSE…
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